Die Jugend des FC Porto verließ João Novais 2010 mit 17 Jahren und heuerte beim benachbarten Zweitligisten Leixões SC an. Dort schaffte er in den Folgejahren den Sprung in die Profimannschaft und entwickelte sich zum Stammspieler. Seine Entwicklung ging weiter, mit Stationen bei den Erstligisten Rio Ave FC, von 2015 bis 2018, sowie SC Braga, ab der Saison 2018/19. So sammelte der Mittelfeldmann Erfahrungen aus sechs Jahren im portugiesischen Oberhaus. Seine erfolgreichste Zeit erlebte er dabei beim SC Braga, wo er 2019 und 2020 die Europa League Gruppenphase überstand und zudem zwei nationale Titel gewann: 2020 den Allianz Cup (den portugiesischen Ligapokal) und 2021 den Taça de Portugal (den portugiesischen Pokal).

Für die Saison 2021/22 wurde João Novais vom SC Braga an den türkischen Erstligisten Alanyaspor verliehen. Nach mehreren Wochen Anpassungszeit, setzte er sich gegen Ende der Hinrunde als Stammspieler durch und konnte seitdem mit über zehn Torbeteiligungen an der guten Saison Alanyas beitragen.